故事主要围绕小泡泡们与小精灵们历经重重磨难，成功唤醒沉睡的小贝壳们，并携手拯救海洋世界展开。上一季中，小泡泡们与小贝壳们凭借团结、友情与勇气，换来了一颗与贝壳世界命运息息相关的明珠；然而不幸的是，本季开篇，这颗明珠便被大反派八爪海怪击碎，贝壳们也因此纷纷陷入沉睡……善良勇敢的小泡泡们在海底奇异光束的指引下，找到了珍珠的创造者——海底精灵，并从精灵口中得知唤醒贝壳们的方法：集齐深藏在五大洋中的红宝石珍珠、翡翠珍珠、玛瑙珍珠、紫晶海珍珠、蓝宝石珍珠五颗源珠，以五颗源珠重塑光明之珠与黑暗之珠，便能唤醒沉睡的贝壳们。但寻找之路危机四伏，不仅有大反派八爪海怪处处阻挠，各大洋还存在着未知的危险环境，寻找每一颗珍珠都异常艰难。可小泡泡们和小精灵们并未退缩，她们迎难而上、团结协作、开动脑筋，一次次将八爪海怪打得落花流水。最终，在众人的共同努力下，大家成功集齐五颗源珠，重塑光明之珠与黑暗之珠，唤醒了小贝壳们，并一同守护、拯救了整个海洋世界。
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