住在真新镇的少年小智，迎来了能获得宝可梦训练家资格的10岁生日早晨。对从未见过的宝可梦，与从未见过的世界感到憧憬的他，应该到大木研究所领取要成为自己伙伴的宝可梦，可是小智睡过了头，等他抵达时只剩一只不喜欢人类的皮卡丘。
“你是不是很讨厌我？可是，我很喜欢你哦！”
尽管两人有过冲突，却也慢慢建立起友谊。外出旅行的那天，他们看见传说的宝可梦——凤王在天际翱翔。小智与皮卡丘拿着虹色之羽立下誓言——“总有一天，我们会一起去见它！”
于是小智，为了成为世界第一的宝可梦大师，和皮卡丘一起展开了旅程。他们在途中遇见训练家诚子以及宗次，并听到了有关凤王的传说。
“受到虹色之羽的引导，见到凤王的人，就会成为彩虹勇士。”
在不知何时潜入小智影子里的神秘宝可梦——玛夏多的引导下，小智一行人前往凤王栖息的天青山，此时却出现了一名强敌。他们俩是否能见到凤王！？
为了实现启程那天所立下的誓言，两人现在即将展开成为“真正的伙伴”的冒险！
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